Geboren xxx irgendwo im Nirgendwo xxx begann sein Leben in jungen Jahren bereits dramatisch. Nur ein paar Erinnerungsfetzen an seine Familie sind ihm geblieben. Kaum 5 Jahre alt war er als seine Eltern einem Überfall zum Opfer fielen und nur durch Glück wurde der kleine Junge von den Angreifern übersehen. Zwischen Schutt und menschlichen Überresten wurde er gefunden. Ein Offizier der am Aufbau des Ghost Projekts maßgeblich beteiligt war sah etwas in diesem Kind und nahm ihn mit.

Schon in seiner Jugend konnte John Shepard zeigen, dass er das, was ihm an psionischen Fähigkeiten fehlte, durch außergewöhnliche physische Widerstandsfähigkeit und eine ihm eigene Sturheit und Zielstrebigkeit wettmachte. Diese Eigenschaften wurden genutzt um seinen Körper mit teilweise experimenteller Cyberware an seine Leistungsgrenzen zu bringen.

Er wurde mit diesen neuen Fähigkeiten schnell ein sehr wertvolles Mitglied der Ghost-Security und konnte sich trotz seiner jungen Jahre bis zum Commander hocharbeiten. Obwohl er so erfolgreich war, blieb er jedoch immer sehr misstrauisch und kritisch dem Ghost Projekt gegenüber. Er hatte sich mit einigen der „unfreiwilligen Teilnehmer“ angefreundet, besonders mit dem Psionikern Max Rage und Lissa Davies. Sie wurden in den 3 Jahren die sie miteinander verbrachten zu engen Verbündeten. Nachdem die Ausbildung immer härter und gefährlicher wurde, beschlossen seine beiden Freunde zu fliehen. Selbstverständlich konnte er solche Grünschnäbel nicht einfach sich selbst überlassen und es war für ihn ein durchaus willkommener Grund seine Heimat zu verlassen um mehr über die wirkliche Welt und die Kreaturen die darin leben zu lernen.

Nachdem sie in der Backwater Station gelandet sind, fand der Commander (der Titel blieb ihm als Spitzname nachdem er Lissa im Scherz ein paar Mal rausgerutscht ist) schnell eine Anstellung in der hiesigen Security Abteilung. Er hat sich in dem Jahr seit seiner Ankunft bereits einen Namen gemacht als strenger aber fairer Aufseher, der selbst so seine Schwierigkeiten mit Autoritätspersonen hat.